L'ISTOM forme des cadres multi-compétences pour les entreprises et les organismes impliqués dans l'agro-développement international.

Le métier le plus caractéristique du savoir-faire Istomien est celui de "Responsable de projet de développement". Pour ce type de fonction, l'Istomien outre son ouverture d'esprit scientifique et ses solides bases en agronomie, est recherché pour sa formation pluridisciplinaire d'ingénierie en agro-développement ; laquelle lui permet d'avoir une vision complète des actions de développement durable à conduire dans des régions en mutation et à fortes différences culturelles.

On retrouve aussi les Istomiens à des postes de responsable de plantations, manager qualité en industries agroalimentaires, responsable commercial en agro-fourniture, responsable import-export, consultant pour des organismes internationaux...

Les employeurs d'Istomiens sont à 74 % du secteur privé, 21 % institutionnels et 5 % associatifs.